A kiemelkedő TDK-teljesítmény elismerésére az alábbi díjakat ítélik oda országos, kari, illetve intézeti szinten. A linkekre kattintva elérhető a BTDK díjazottainak listája.
Az Országos Tudományos Diákköri Tanács országos szinten adományoz témavezetői (Mestertanár Aranyérem kitüntetés, Jubileumi Emlékérem stb.), illetve hallgatói (Pro Scientia Aranyérem, TDK Prezentációs Díj) kitüntetéseket.
A ELTE TTK TDK Érem kitüntetését a Kari Tudományos Diákköri Tanács adományozza a kari TDK konferenciák kiemelkedő témavezetőinek.
A Juhász-Nagy Pál Tehetséggondozó Díjat a BTDK vezetősége évente ítéli oda a tehetséggondozásban kiemelkedő eredményeket elérő biológus oktatók munkájának elismerésére.